骷髅洞三层并不是只有一个出口，最经典的隐藏通道通往苍月岛尸魔洞二层，常规出口则通往连接通道，继续前进可以进入比奇矿区b二层；部分地图还保留通往沃玛自然洞穴的出口。判断路线时，先看角色所在位置：三层左上区域约（36，70）对应尸魔洞二层，右下区域约（290，293）对应连接通道，左下区域约（78，229）对应沃玛自然洞穴。不同地图入口名称可能略有差异，但大方向不会改变。
前往尸魔洞二层时，进入骷髅洞后依次通过一层、二层到达三层，沿地图左侧向上移动，找到约（36，70）附近的暗门即可传送。进入尸魔洞二层后，落点通常在（12，154）或（12，155）附近，适合直接开始清理僵尸类怪物，不需要再经过尸魔洞一层。这个路线的优势是距离短、落点靠里，适合已经能稳定处理尸魔洞怪物、希望节省跑图时间的玩家；如果走到对应位置没有传送效果，说明当前地图没有开放这条隐藏连接，应改走常规路线。
前往比奇矿区时，应从骷髅洞三层右下角约（290，293）进入连接通道，而不是在三层桥附近反复寻找入口。进入第一张连接通道后，继续寻找下一层入口，随后依次经过四张连接通道地图：第二张主要仍是骷髅类怪物，第三张开始混有僵尸，第四张基本以僵尸为主，最后从出口进入比奇矿区b二层。实走时可用怪物变化判断方向，骷髅数量较多说明仍在前段，僵尸明显增多则表示已经接近矿区；途中不要只依赖地图名称，因为多张地图都显示为连接通道。
三层的路线选择应按目的决定：想快速进入尸魔洞，就走左上方（36，70）；想去矿区打僵尸、挖矿或继续前往其他地牢区域，就走右下方（290，293）；需要前往沃玛相关区域时，再检查左下方（78，229）的自然洞穴入口。低等级角色优先选择自己熟悉、撤退距离较短的路线，组队玩家可以直接按目标地图分工报点，单人玩家则应先清理入口附近怪物再贴边寻找出口，避免在传送点周围被围住。
